Am 8. Mai bezog die neu gegründete Gemeinde ihre ersten eigenen Räumlichkeiten in der Hauptstraße 59 mitten in Schenefeld. Die von Gerlinde und Wolfgang Grube aus einem Hauskreis der Josua-Gemeinde Hamburg-Ottensen entstandene Gemeinschaft traf sich zuvor in den Räumen der Paulskirche in Schenefeld, nachdem das Wohnzimmer von Familie Grube zu klein wurde. Pastoral wurde der Schenefelder Ableger von der Muttergemeinde aus Ottensen mitbetreut und hat dank eines hohen ehrenamtlichen Engagements innerhalb kurzer Zeit eine erstaunliche Bandbreite an Aktivitäten entwickelt.
Auf der Bundesratstagung am 20. Mai wurde die Josua-Gemeinde Schenefeld als eigenständige Gemeinde in den Bund Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden in Deutschland (Baptisten) aufgenommen.
Mit Jörg Butschkau wurde in 2005 der erste hauptamtliche Pastor berufen, der für die nächsten 10 Jahre in der Gemeinde tätig war.
Im Jahr 2009 erwarb die Gemeinde das ehemalige Bürogebäude Achter de Weiden 10, in das sie nach umfangreicher Sanierung und Umbau Anfang 2010 umzog.
Im April 2017 wurde nach eineinhalbjähriger Vakanz Timo Plutschinski als Pastor der Gemeinde berufen.
Ein neues Leitungsmodell inklusive neuer Satzung wird eingeführt und Diakoninnen und Diakone für verschiedene Arbeitsbereiche berufen.
Schon zum zweiten Mal nach 2018 wird von der Josua-Gemeinde unter Schirmherrschaft der Stadt Schenefeld und unter Beteiligung eines Trainer- und Mitarbeiterteams aus McAllen/Texas ein Baseballcamp für 8- bis 18-jährige Kinder und Jugendliche in der ersten Woche der Sommerferien durchgeführt.
Nach umfangreicher Renovierung wird die Büroetage als Co-Working Space in Betrieb genommen und der Claim „Eine Gemeinde nicht nur für sonntags“ eingeführt.
In Ergänzung zu Timo Plutschinski wird Stefan Thull als weiterer Pastor der Josua-Gemeinde tätig.
Im Juli wurde Dirk Ristau als Pastor der Gemeinde berufen.